Créé en 1984 conjointement avec le Quotidien Mainichi à l’occasion du 60ème anniversaire de la Maison Franco-Japonaise en hommage à MM. Eiichi SHIBUSAWA et Paul CLAUDEL, fondateurs de la Maison, ce Prix scientifique est décerné aux oeuvres de haut niveau qui reflètent les recherches sur nos deux cultures.
Le Prix couronne deux oeuvres dans chaque pays respectif. Il est accompagné d’un billet aller-retour Japon-France et d’un séjour d’un mois en France ou au Japon. Pour le volet japonais, le Prix d’encouragement vient s’ajouter aux meilleures récompenses. À partir de 2008 le Quotidien Yomiuri co-organise avec la Maison franco-japonaise le Prix Shibusawa Claudel. À partir de 2021, la Fondation France-Japon de l'École des hautes études en sciences sociales rejoint l'organisation du volet français.